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数据科学家青果旺战斗癌症每次一个字节

癌症:它是罢工害怕当医生发音一个字。

Qinggou Wang teaching data science at Lipscomb.

qinggou王建宙在澳门皇冠赌场旁边,他的研究教数据的科学发现治疗癌症。

它是动力 青果旺一生的工作。

但王是不是典型的癌症研究人员。他是一个数据的科学家,他是在一次与癌症作斗争的一个字节。

王是数据科学在利普斯科姆的副教授 College of Computing & Technology。使用计算技术来发现的原因和治疗癌症是有场显著潜在影响的重要途径。

用数据来寻找线索

“通过计算科学的镜头研究癌症是很有趣的,”王小姐说。 “它也直接关系到患者的福利。即使所有已经进行的研究,这是很难找到一些类型的癌症治疗。许多人仍然死于癌症。这是一个困难的疾病。它影响许多人,仍然不知道尽可能有知道“。

青果旺 visiblily thinking about a problem.

“对于某些类型的癌症,我们确实知道如何对患者进行治疗,如果我们知道司机突变。但对于许多癌症类型,我们仍然不知道。这方面的研究是非常持续的,它是非常具有挑战性。”

王说,例如,他拥有计算机科学知识,但不是在生物学方面的专家。像数据旺科学家通常使用被称为下一代测序的基因组数据 - 或NGS - 检测的突变引起的癌症。 NGS使研究人员能够序列的DNA和RNA快速,经济高效。

该NGS处理与已经从患者提取的癌组织开始。所述组织样品包含许多细胞。旺说,DNA从这些细胞,然后将其提取的“切碎成短的片段”分别包含数百个核苷酸。

“我们必须从每一个片段阅读核苷酸,并且可以有成千上万的碎片,”他说。 “这些短的片段,然后提供给NGS机器读取从每个片段的核苷酸。”

这些读数创建非常大的文件。王分析文件,其中有几十万行。当文件被压缩,每个人都可以达到200 GB,他说。

“这是大数据,”承认旺。

在王的研究,组织可以从多个站点在患者体内取癌常迁移到其他器官,一旦它已初步形成。

“我们采取的样品并做测序得到癌症的全面视图的患者,”他解释说。

工程师转行成为癌症研究

当王七年前就开始工作,在这个领域,他说,这可以从接收的基因组测序数据,这可能会导致癌症的基因突变的发现需要长达六个月。今天,随着科技的进步,现在可以在一个星期内完成。

“我是一名计算机科学家,所以我喜欢用数据玩,”他说。

当王在他的家乡中国开始了他的学术研究,癌症研究是远离他的脑海。他获得工程学士学位核技术从成都理工大学,去工作的工程师。他接下来获得了计算机技术工程硕士毕业于上海交通大学,去工作的软件工程师首先为上海惠普有限公司。 LTD。然后为上海数字智能系统技术。合。 LTD。

王射入他的事业作为一个软件工程师,他很快意识到在中国的工作文化的艰巨性。他曾每周六天,从上午10时至有时晚上10时每天。他说周日是休息的唯一一天。

“我们在中国努力工作,”王说。 “你不能相信有多难,我们的工作。星期天我主要是睡觉,因为我已经筋疲力尽。工作没有履行给我。我觉得我只是一个编程机器“。

王说,他确实给了他做的工作,但他想知道更多。所以,他开始“探索”。 “我想知道更多关于计算机科学和生活中的问题,”他说。

青果旺 stands with his reasearch team at the University of Missouri.

他决定他想改变,想从事研究。因此,王和他的妻子,绵锅,搬到了美国,在那里他可以在计算机科学追求高级学位。它是改变了他的生活,深刻的方式移动。

王获得硕士和博士学位在计算机科学中,保持一个完美的4.0 GPA每个。一路上,他发现了一种融合了计算机科学知识,他的激情做一些有意义的事情吧。担任研究助理,而在密苏里州的学生,王某是一个团队的学生谁是在计算密集的生物信息学名列前茅排在世界努力在健康的国家机构预测蛋白质结构中的一部分 在2010年的蛋白质结构预测比赛技术第九严格评估.

一个任务,以了解更多

试图了解更多信息,旺接受了为期三年的博士后奖学金范德比尔特大学,他在那里研究癌症基因组学和生物医学信息学三年。王和他的同事对基因组数据,并提出了在范德比尔特,他们发现医生的突变那么谁将会检查标本从生物学角度看,以确定突变癌症的相关性。虽然,旺还研究的检测人癌症基因组异常事件的新方法。他开发了一个NGS目录,并在2012年开发的软件 virusfinder 通过NGS数据来检测病毒。

“我们在范德比尔特合作者曾经问我们,如果我们能够识别癌症基因组的病毒及其整合位点。当时的软件和管道表征的病毒不存在基因组整合位点,”王说。 “所以,我们开发了virusfinder工具。”

“病毒感染,尤其是致瘤病毒,是全球死亡的主要原因之一。一些病毒,如乙肝病毒,可以融合到宿主基因组中断基因功能或引起染色体不稳定,而其他病毒很少整合到宿主基因组中,解释说:”王。 “检测病毒的存在,尤其是在宿主基因组中的整合位点是了解他们在疾病发展中的作用至关重要。病毒与宿主相互作用的研究也可以对病毒有关的癌症线索。病毒 - 宿主相互作用的NGS调查的需求是由缺乏有效的NGS工具进行病毒检测阻碍“。

virusfinder迅速成为最常用的工具之一,在该领域进行的病毒和使用NGS数据,包括全转录组测序,全基因组测序,并靶向测序数据主机基因组的整合位点的鉴定。今天,它是由世界各地的医学研究者使用。

另一个旺的工作是检测癌症中驱动基因myc蛋白结合位点。 myc基因是许多过程,包括细胞周期进入,核糖体合成和代谢的主要调节剂。

“研究myc蛋白是非常重要的,”王说。 “我们在范德比尔特的合作者发现,这种蛋白可与另一种蛋白质-wdr5 - 但我们需要验证使用的测序数据。研究这种癌症中驱动基因,因为它每年导致美国约10万人死亡孤单是很重要的。”

什么王证实是没有这WDR5 MYC无法绑定到基因组中。 “如果我们能发现一个小分子结合于WDR5是MYC结合,我们可以中断myc基因结合,并可能会停止MYC作为癌症的驱动程序的界面。这是工作的一个非常重要的一块,”他说。

当王在2014年接受了计算工程师职位在纽约纪念斯隆 - 凯特琳癌症中心,他开始制定统一的信息管道。王先生说世界各地的研究人员序列,并使用不同的方法,尝试比较数据时产生的挑战分析不同中心RNA测序数据。他想找到一种方法来整合不同来源的数据。

“我们花了一年开发一个管道重新分析所有的RNA样品来自两个国家项目遵循相同的协议,”他回忆说。 “这是一个很大的项目,该项目仍在进行中。”

而在斯隆凯特林,王还参与了另一重大科研项目研究基因的雄激素受体(AR),前列腺癌最突出的驱动程序。他研究了一个突变AR基因,AR-V7,可以翻译成蛋白质产品。 AR-V7对前列腺癌患者的生存显著的影响。 “检测这种变异是很重要的,”他说。王花了几个月的开发流水线详细介绍这一变种。这项研究的结果发表在高被引论文被纳入 细胞 日志。

计算机科学家在癌症研究

王在应用计算科学为癌症研究的重要性坚信。他说,在过去十年显著进展,在利用计算技术在生物医学研究已经取得。

“NGS之前,我们只能专注于癌症的小规模或在基因组的某些区域,”他说。 “它也是非常昂贵的,进行这方面的研究。”

“今天在计算科学的进步以及NGS技术及其日益广泛的应用到癌症的研究,我们可以做的更大规模的研究,降低成本和制造上与癌症作斗争的冲击加速解决方案,”王说。虽然仍然有挑战的工作通过,整合计算机科学到生物医学研究已产生了巨大影响,并将继续在未来。

王的工作一直在研究和技术的前线,他今天继续在这方面他的研究。他的研究结果已发表在许多杂志上,报告和书籍,他已经提出了在许多国家的会议。

“不同的医院采用不同的癌症面板和数据共享和隐私是癌症研究的所有障碍,”王说。 “通过使用大数据和共享这些数据,我们可以想办法提高癌症治疗。数据共享将继续是极为重要的整个社区找到治愈癌症 - 跨不同的研究人员,医院和国家共享信息 - 和拯救生命。”

斯隆凯特林后,对王某的旅程的下一站是澳门皇冠赌场。但它不是停止王计划。

“我认为这将是不可能的,我在大学利普斯科姆工作,”他回忆说。 “我有十多年的研究培训。我的计划是继续研究和出版。但神打开门“。

与基督教的相遇

了解王的故事,这部分的意义,人们必须回到2005年,当他离开上海,中国的夏天,并在密苏里州哥伦比亚市赶到。他没有车辆。他知道几个人。但在最初几天在美国的遭遇对王某的生活产生深远的影响。

“我有我的基督教第一次遇到,”他回忆说。

青果旺 stands to have his picture taken outdoors.

密苏里校园远非王的公寓。在一周内,他把城市公交车到校园。但公交车并没有在他的公寓附近的周末运行。王的妻子勉与部长保罗·福克斯谁住在附近谁开车到学校在周末,让他坐在一起出锅连接。

1天旺睡过头了。狐狸敲他们的门,前往校园的时候,他没有得到回应。王醒了,意识到发生了什么,被称为狐狸的房子。他的妻子接了电话,并说他要来得到他们。

“他敲了敲门,是酷暑非常吃力,”他说。 “汗水从他滴水。我是如此的感动。在中国甚至是很好的朋友毫不犹豫地帮助的时候。但是这个人,谁,我们只知道她几天,乐意提供帮助。他是一个基督徒。所以,这是我的一个基督徒的第一印象。”

王的事实,狐狸已经得到了校园,并专程回来办法让他以后实现。

他们在哥伦比亚遇到了另一个人谁与中国教会的工作经常邀请中国学生到他家度假饭菜。

“他会说,‘这是一个伟大的祝福,愿这些学生在我家’,”王说。 “它让我感动,因为我们作为国际学生......我们没有钱。我们不知道重要的人,并没有很高的地位。我们有F1签证,这意味着我们不能全职工作。基本上我们是穷人中最穷的。但是,当他说这是一个伟大的祝福,让我们在他家让我感动“。

“中国文化是不同的这种地位是非常重要的。但对于许多基督徒,他们不计较地位。他们试图去了解他们遇到的人。这是我非常喜欢和非常喜欢,”他继续说。 “这是一个原因,我转换为基督教信仰一年后,我来到了美国”

When Wang came to Nashville in 2011 for his work at Vanderbilt, he began worshipping at Middle Tennessee Chinese Church of Christ, which meets at Natchez Trace Church of Christ near the university. Before Wang left for Sloan Kettering in 2014, the minister at Middle Tennessee Chinese Church of Christ wrote to Fortune Mhlanga, dean of 澳门皇冠赌场’s College of Computing & Technology, to ask if there was an opening for Wang.

“我已经接受了在纽约的位置,”王回忆说。 “但我答应财富,我会保持联系,并会来,并给予学生交谈。”

一个途径利普斯科姆

At the end of 2015, Wang contacted Mhlanga, who asked him to consider interviewing for a faculty position in the College of Computing & Technology. Mhlanga set the interview for a Thursday in Nashville, and every Thursday Wang was committed to a lab meeting in New York at Sloan Kettering.

“在那个时候,我不希望我的老板知道我在采访,”他说。 “他会认为我想离开,而当时我没有。所以我问上帝,如果他叫我来面试,以帮助我,所以我可以去没有我的老板知道“。

一周前接受采访时,他的老板在斯隆凯特林宣布每周星期四实验室会议将举行该周开始星期二。

“然后我祷告采访10件多事情,”他说。 “虽然当时我不知道如果我能在利普斯科姆工作,我仍然想为面试做好准备。在所有这些10两件事,我看到神回答我的祈祷。面试进行得非常顺利。”

虽然王很高兴在斯隆凯特林,他开始认真思考在利普斯科姆工作。在纽约,他是许多研究者之一。在利普斯科姆,他是独一无二的。

“在利普斯科姆我可能会更有用,”他承认。 “上帝可以用我的技能。在斯隆凯特林我是一小群身边的人有用。但在利普斯科姆我可以教给学生,并帮助更多的人。”

“这是一个重大的决定到这里来。但我看到神开门澳门皇冠赌场。他的意志是对我很清楚。”

今天,王准备下一代在课堂数据科学家和他们在他的研究和他一起工作,帮助找到治疗癌症的方法,每次一个字节。